相关依赖包
- muon:
muon
是一个用于多模式组学分析的 Python 框架。教程: https://muon.readthedocs.io/en/latest/ - numpy:
numpy
是Python的一个科学计算库,提供了高性能的多维数组对象及这些数组的操作。它是科学计算、数据分析和机器学习领域的基础包。 - pandas:
pandas
是一个开源的数据分析和处理库,提供了快速、灵活和富有表达力的数据结构,旨在使“关系”或“标签”数据的操作既简单又直观。 - anndata:
anndata
是一个Python库,用于处理带注释的数据矩阵,常用于单细胞基因表达数据等。 - **scanpy (通常简写为sc)**:
scanpy
是一个用于单细胞RNA测序数据分析的Python库,提供了预处理、可视化、聚类、轨迹推断和差异表达测试的工具。 - **scirpy(通常简写为ir)**:
scirpy
是一个用于单细胞TCR/BCR分析的Python库,旨在与- scanpy无缝协作。 - cycler:
cycler
是一个用于创建简单、通用的对象以进行重复或循环的Python包,常用于图表绘制中循环使用一组样式或颜色。 - matplotlib:
matplotlib
是一个Python 2D绘图库,可以生成发表质量的图形,并通过各种硬拷贝格式和交互式环境跨平台。
暂未完成