R语言是一种专为统计分析、图形表示和报告而设计的编程语言和环境。自从1995年首次发布以来，它已成为统计计算和图形领域的一个重要工具。R是基于S语言的一个实现，S语言由贝尔实验室开发。R语言是开源的，可以在GNU通用公共许可证下自由使用。
安装
在安装之前，先检查一下本地的环境：
conda env list
创建R环境:
conda create -n r r-base r-essentials
可以指定R的版本，也可以不指定直接安装最新版本。以下命令创建了一个名为r_env的新环境，并安装了R。如果您想指定版本，可以在r-base后添加=版本号，例如r-base=4.0.2。
r-essentials 是一个由Anaconda提供的Conda元包，包含了R语言及其数据科学生态系统中最常用的包。安装r-essentials时，它会自动安装一系列预选的R包，这些包覆盖了数据科学的各个方面，如数据操作、可视化、数据分析、机器学习等。
r-essentials包括但不限于以下一些重要的R包：
ggplot2：一个用于数据可视化的包，提供了一种优雅且富有表达力的图形系统。dplyr：一个数据操作包，提供了一组方便的数据清理和转换函数。tidyr：用于数据整理的包，使数据更加整洁。shiny：一个构建交互式Web应用程序的框架。rmarkdown：用于动态生成报告的包，支持Markdown语法。forecast：时间序列预测的包。rvest：用于Web抓取的包。caret：一个包含多种机器学习算法的包，用于模型训练和评估。knitr：提供了一个灵活的动态报告生成框架。
切换环境:
conda activate r
添加Channel和镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
或者在.condarc下
channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
安装依赖库（推荐）
在R控制条中使用install.packages()命令: 在R控制台中，你可以使用install.packages()函数来安装新的包。
packageVersion("Seurat")
# 设置镜像源
options(repos = c(CRAN = "https://cran.rstudio.com/"))
# 安装 Seurat-V4
install.packages('Seurat', repos = c('https://satijalab.r-universe.dev'))
# 安装 remote 包
# install.packages("remotes")
# 安装 seurat-disk 包
# remotes::install_github("mojaveazure/seurat-disk")
加载库 ，使用library(ggplot2) 加载库。
使用conda下载(不推荐)
conda install -c conda-forge r-ggplot2
conda install -c conda-forge r-seurat
这个命令会从conda-forge频道安装Seurat及其依赖
升级
检查R的当前版本
$ conda list r-base
查找可用的R版本
$ conda search r-base
升级
$ conda update r-base
$ conda install r-base=特定版本号
删除环境
删除特定的Conda环境
$ conda deactivate
$ conda env remove --name env_name
清理Conda包缓存,Conda会缓存下载的包以便将来重用。这些缓存可能占用大量空间。
conda clean --all